Le destin de la Nouvelle-France est parfois incertain en raison des problèmes qui se posent en matière d’administration et de commerce; néanmoins, la menace majeure à sa survie est certainement la guerre opposant la France à l’Angleterre, déclarée en 1625. Ses effets se font sentir en Nouvelle-France vers 1628, lorsque des corsaires dirigés par la famille Kirke, se disant les émissaires du roi Charles I^er d’Angleterre, se rendent maîtres de bâtiments français naviguant dans le Saint-Laurent, notamment des vaisseaux envoyés par la Compagnie des Cent-Associés à destination de Québec pour y livrer des vivres, en pleine période de pénurie.

À Québec, les colons attendent en vain l’arrivée du ravitaillement. Lorsqu’il apprend que les Anglais sont à Tadoussac et que le cap Tourmente a été détruit par les hommes de Kirke, Champlain comprend que la colonie court un grave danger. La ville de Québec n’est pas attaquée en 1628; néanmoins, les corsaires de Kirke sont tout à fait conscients de sa situation déplorable et jurent de revenir faire main basse sur la colonie l’année suivante.

Au cours de cet hiver, les habitants de Québec subissent de terribles souffrances. Ils sont aidés par leurs alliés autochtones, notamment les Montagnais (Innus) et les Hurons-Wendat, qui nourrissent et s’occupent de 20 Français au cours de l’hiver et du printemps 1628–1629. À l’arrivée du printemps, Champlain continue d’encourager le développement de pratiques agricoles destinées à permettre à la colonie de vivre en autarcie.

Toutefois, ses efforts sont vains, car les frères Kirke reviennent en Nouvelle-France au printemps 1629 avec l’intention de faire main basse sur Québec. Détenteurs d’un monopole de la traite des fourrures dans la vallée du Saint-Laurent, sous les auspices de la Company of Adventurers to Canada, et d’une commission royale autorisant la destruction des établissements français, les Kirke s’emparent de la colonie assiégée, qui n’oppose aucune résistance.

Champlain est autorisé à demeurer dans ses quartiers à Québec; néanmoins, il décide de se rendre à Tadoussac, où il attend de partir pour l’Angleterre dans un climat de rumeurs annonçant la fin de la guerre. À son arrivée en Angleterre, Champlain apprend que la guerre est terminée et que l’Angleterre et la France ont signé un traité de paix avant la prise de Québec, ce qui signifie que la colonie doit être rétrocédée aux Français.

Champlain se rend à Londres et convainc l’ambassadeur français de l’assister dans ses démarches concernant la rétrocession de la Nouvelle-France aux Français. À la fin de l’année 1629, Champlain revient à Paris, où il continue de défendre sa cause. Ce n’est qu’en 1632 que le traité de Saint-Germain-en-Laye prévoit la restitution de la colonie à la France. Dans le même temps, Champlain poursuit ses efforts tout en scellant de nouvelles alliances avec des membres influents de la société française. Il publie également ses Voyages de la Nouvelle-France en 1632, ainsi qu’une carte complète de la colonie. En 1633, Champlain retourne en Nouvelle-France aux commandes de Québec.