Champlain retourne en France à l’automne 1616, une période au cours de laquelle de nombreuses agitations civiles ébranlent le pays. Le prince de Condé, vice-roi de la Nouvelle-France, a été fait prisonnier par la régente Marie de Médicis, puis remplacé par Pons de Lauzière, marquis de Thémines de Cardillac, maréchal de France, ce qui rend incertain le destin de la colonie déjà fragile. Pendant une courte période, Champlain est remplacé dans son titre de lieutenant de la Nouvelle-France, mais est rétabli dans ses fonctions au début de l’année 1617.

À cette époque, Champlain redouble d’efforts pour défendre sa vision de la Nouvelle-France, aussi bien auprès de la cour qu’auprès de ses investisseurs, qui considèrent volontiers qu’un établissement permanent dans la colonie constitue un gaspillage. Alors que le roi Louis XIII prend les rênes du pouvoir, marquant ainsi la fin de la régence de Marie de Médicis et le renouveau d’une politique étrangère plus expansive, Champlain saisit l’occasion pour convaincre le roi de l’énorme potentiel économique et religieux de la Nouvelle-France.

En 1617, Champlain fait un bref retour en Nouvelle-France, accompagné de la toute première famille française à s’installer durablement dans la colonie : les Hébert. Champlain aide la famille Hébert à faire acquisition d’un terrain et à y fonder une ferme. Leur présence continue dans la colonie nourrit les arguments qu’il invoque en France en faveur d’une implantation permanente.

Pendant toute l’année 1618, Champlain poursuit ses efforts en vue de convaincre Louis XIII et les investisseurs du potentiel économique de la Nouvelle-France. Il fait valoir qu’il est possible d’amasser des richesses extraordinaires en exploitant les ressources naturelles abondantes du pays et en prélevant des droits de douane une fois ouverte l’hypothétique route reliant Québec à l’Asie. Il prône également le développement d’établissements ruraux et urbains, la mise en place d’éléments fondamentaux de la société civile européenne et l’évangélisation des Autochtones.

En mars 1618, le roi Louis XIII signe une lettre par laquelle est reconnue officiellement l’autorité de Champlain en Nouvelle-France et, en décembre, ses investisseurs acceptent de soutenir l’installation de 80 migrants supplémentaires à Québec. En 1619, Champlain publie un nouveau volume de ses Voyages, portant sur la période comprise entre 1615 et 1618, qui a pour objet de défendre sa vision de la Nouvelle-France.

Dans le même temps, le prince de Condé est libéré de prison et réintègre sa charge de vice-roi de la Nouvelle-France en 1619. Il vend cette charge en 1620 à Henri II, duc de Montmorency, qui, en mars de cette même année, nomme Champlain lieutenant de la Nouvelle-France et commandant de Québec.