La maison Bethune-Thompson, située à Williamstown, tire son nom de ses deux propriétaires les plus renommés, le révérend John Bethune et l'explorateur David Thompson. Elle fut cependant construite sur ce site, en 1784, par un des premiers pionniers, un certain Peter Ferguson. Il utilisa la technique canadienne-française dite des « poteaux sur sol » selon laquelle des rondins verticaux sont retenus, en haut et en bas, par des plaques horizontales. Le révérend John Bethune (1751-1815), pasteur de l'église presbytérienne St. Andrew de Williamstown et premier pasteur presbytérien du Haut-Canada, acquit la propriété en 1804. Il y construisit une grande maison et intégra l'aile Ferguson pour en faire la cuisine. En 1815, elle fut acquise par David Thompson (1770-1857), célèbre explorateur de la Compagnie du nord-ouest, qui cartographia une grande partie de ce qui est maintenant l'ouest du Canada.

La Fiducie du patrimoine ontarien fit l'acquisition de la maison Bethune-Thompson en 1977. (Onze ans plus tard, la Fiducie racheta maisonnette de travailleur qui la ouxte, à pans de bois, du début des années 1840. Pour sauvegarder ce bâtiment, la Fiducie reprit sa propre méthode qui intègre les différentes disciplines propres à la conservation du patrimoine, de façon à aborder globalement l'opération de restauration du site. Elle procéda à des recherches approfondies sur le plan archéologique, architectural et historique, avant d'effectuer la restauration entre 1985 et 1987. Le projet Bethune-Thompson devint un modèle que la Fondation adopta pour les restaurations ultérieures qu'elle conduisit.

La maison Bethune-Thompson, classée lieu national historique, est la plus ancienne maison particulière que possède la Fiducie.